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In dieser Entwicklungssequenz von Zellen exprimieren Pre-BI-Zellen auch Ersatzlichtketten, kodiert durch VpreB- und 5-Gene (Karasuyama et al. 1994), und die umanordnungsmaschinerie, die von den Genen RAG-1, RAG-2 (Grawunder et al. 1995) und TdT (Melchers und Rolink 1999) kodiert wird. Sobald ein Allel produktiv neu angeordnet wurde, wird die somatische Rekombination gestoppt, wodurch zusätzliche Umlagerungen am zweiten Allel verhindert werden. Dieser Prozess wird als allelic Ausschluss bezeichnet (Melchers und Rolink 1999). Die aus einem produktiv VHDHJH neu angeordneten IgH-Kettenlokus abgeleitete schwere Kette muss mit der Ersatzlichtkette zu einem Vor-BCR auf der Oberfläche einer großen Vor-BII-Zelle (zehn Boekel et al. 1997) passen. Der Ausdruck der Ersatzlichtkette und der Umlagerungsmaschinerie wird dann ausgeschaltet (Grawunder et al. 1995). Das Pre-BCR induziert zwei bis fünf Divisionen großer Pre-BII-Zellen (Rolink et al. 2000). Da die Pre-BCR durch diese Divisionen verdünnt wird, kommen die Zellen als kleine Pre-BII-Zellen zum Erliegen, die Expression der Umlagerungsmaschinerie wird wieder aktiviert und VL-Segmente werden auf dem L- und -L-Kettengen-Loci zu JL-Segmenten umgeordnet.

Sobald eine L-Kette mit der bereits vorhandenen schweren Kette gekoppelt ist, kann IgM auf der Oberfläche abgelagert werden, um der Zelle den Status einer unreifen B-Zelle zu verleihen. Autoantigene wählen das aufkommende Repertoire unreifer B-Zellen negativ aus, um autoreaktive Zellen mit hoher Affinität zu löschen, und können auch positiv wählen, um autoreaktive Zellen mit geringer Affinität in das B1-Zellkompartimt zu differenzieren (Nemazee et al. 2000). Unreife B-Zellen halten die Umlagerungsmaschinerie aufrecht, um sekundäre Umlagerungen an der IgL-Kettengen-Loci zu ermöglichen, mit denen sie sich ändern können, wodurch die Spezifität von autoreaktiven Zellen bearbeitet wird (Yu et al. 1999). Während dieses Differenzierungsprogramms im Knochenmark interagieren B-Zell-Vorläufer mit verschiedenen Zelltypen (Osteoblasten, Osteoklasten, netzförmige Stromalzellen, dendritische Zellen und andere) auf möglicherweise stufenspezifische Weise (Melchers und Rolink 1999). Unreife B-Zellen verlassen schließlich das Knochenmark für die Milz, wo sie zu sIgM+ sIgD+ B-Zellen reifen. Abb. 2A zeigt die Leistung von MiRmat auf Drosha Verarbeitung Website Vorhersage. Die Drosha-Standorte von 31,9% der microRNAs im Testsatz wurden gemäß den Anmerkungen in miRBase genau vorhergesagt. Wenn eine Abweichung von 2 nt von der wahren Site zulässig ist, erreicht die Rate der erfolgreichen Vorhersage 77,8% (Abb.

2A). Es sollte beachtet werden, dass MiRmat, wie in der vorherigen Studie [13], auch auf microRNA-Proben mit der regulären Struktur beschränkt ist, dass die Längen der Pre-microRNAs innerhalb von 50–80 nt liegen und die ausgereiften Sequenzen in den Stielen lokalisieren. Hierarchische Clusteranalyse von 1406 differenziell exprimierten Genen, die von ANOVA mit 98% Vertrauen nachgewiesen wurden (gemessen an Kruskal-Wallis-Statistiken) mit einer Veränderung von mindestens dem Zweifachen und einer Differenz von mindestens 100 durchschnittlichen Differenzeinheiten (Details siehe Methoden). Gene sind in Reihen angeordnet, während die fünf Spalten die fünf Entwicklungsstufen darstellen, von der unausgereiftesten, vorBI-Fach auf der linken Seite bis zu den ausgereiftesten, reifen B-Zellen auf der rechten Seite. Die Expressionsstufe jedes Gens für jedes Entwicklungsstadium wurde normalisiert. Grün bezeichnet eine normalisierte Ausdrucksebene unten, schwarz in der Nähe und rot über dem Mittelwert. Auf der linken Seite sind entwicklungsstufenspezifische Cluster und auf der rechten Seite des Diagramms Cluster ausgewählter funktioneller Genklassen angegeben. Ron Eringa Website Ron Eringa Twitter Ron Eringa LinkedIn Ron Eringa kontakt Ansichtsprofil Um Genexpressionsprofile in der murinen B-Zell-Entwicklung zu untersuchen, wurde die gesamte zelluläre RNA aus 5 x 104 bis 1,5 x 105 Zellen jeder fünf aufeinanderfolgenden B-Lymphozyten-Abstammungssubpopulationen extrahiert (Abb.

(Abb.1).1). mRNA wurde durch zwei nachfolgende Zyklen der cDNA-Synthese und In-vitro-Transkription (Eberwine et al.

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